一是感病嚴重的棉籽，枯、黃萎病是制約棉花產量的頑癥之一，棉籽又是病菌的載體。病菌可以隨著棉籽迅速傳播。因此，枯、黃萎病嚴重地區的棉種，不能調入無病棉區。
二是伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生長發育不良，成熟度差，鈴重輕，種子發芽率低，長勢脆弱。
三是剝桃花的棉籽，有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍有搶墑剝桃花的陋習。凡剝桃花的棉籽，由于沒有充分成熟，更沒有完成后熟作用，**不能推向市場。
四是噴施了乙烯利的棉籽。噴施乙烯利雖可促棉花早熟3~4天，但對棉籽損傷較大，致使發育不全，不能做種。
五是退化嚴重的品種。棉花是異花作物，異交率在8%左右，有些棉農多年沒有更換新的品種，棉種純度只有70%~80%，品質退化嚴重，繼續使用必將導致減產，品質下降。
六是與農藥、化肥一起存放的棉籽。有些農戶將棉籽與農藥、化肥長期存放于一個倉庫且通氣不良。由于農藥、化肥散發的有毒氣體損傷棉籽正常的生理，造成發芽率銳減。
七是儲存年代過久的棉籽。棉種存放半年一般發芽率在80%以上，在無低溫冷藏設備的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈負面增長。
八是水泥曬場上曬過的棉籽。在水泥曬場上曬含水量較高的棉籽，由于呼吸強度旺盛，造成棉種生理機能失調，部分棉籽形成啞籽，失去發芽能力。
九是機械損傷過重的棉籽。精加工的包衣棉種中，機械損傷率應控制在2%以內。破籽率超過2%以上的棉籽，受藥物浸染過重，對發芽率影響很大，破籽率過高就不宜于做種用。
